После слишком долгих экспериментов с загрузчиком lilo было принято решение перейти на загрузчик grub. Хоть он и сложнее в понимании (о, чего только стоит нумерация дисков через BIOS, с которой я намучился при настойке), зато позволяет устанавливать загрузочную запись на любой из дисков в системе. Короче, lilo на моей системе осталось жить недолго.